Il nome Scilla deriva dalla mitologia greca: una ninfa marina trasformata da Circe in un mostro.

Secondo alcune fonti classiche il primo nucleo abitato risalirebbe ai tempi della guerra di Troia.

La prima fortificazione di Scilla risale probabilmente al V secolo a.C. Nel periodo magnogrèco era una fortezza, conosciuta come Oppidum Scyllaeum, potenziata successivamente in età romana. Tracce dei resti dell’antico porto, oggi scomparse, furono rinvenute nel XVIII secolo.